Pe lângă măsurile individuale de protecție și controlul asupra mediului al transportatorului, encefalita japoneză poate fi prevenită prin vaccinare.
Vaccinul Ixiaro, aprobat deja de FDA (Food and Drug Administration) din SUA și autorizat de EMEA (Agenția Europeană a Medicamentului), se administrează intramuscular în regiunea deltoidă (brațul superior), în 2 doze, al doilea dintre care este inoculată la 4 săptămâni după prima. Pentru o bună imunizare activă, ciclul de vaccinare trebuie să fie finalizat cu cel puțin o săptămână înainte de posibilele contacte cu virusul encefalitei japoneze.
Vaccinul împotriva encefalitei japoneze este recomandat pentru călătorii care stau în aer liber timp îndelungat în zonele endemice, în timpul sezonului în care transmiterea infecției este mai probabilă; cu toate acestea, nu este indicat pentru persoanele sub vârsta de 18 ani, gravide și care alăptează.
