Patogeneza investighează dezvoltarea unei boli și a lanțului de evenimente asociate acesteia, care determină pas cu pas modificările morfo-funcționale ale celulelor și țesuturilor care aparțin organelor afectate. Aceste modificări pot fi cauzate de agenți chimici, fizici sau biologici (viruși, bacterii etc.).
În timp ce etiologia definește cauzele, patogeneza studiază consecințele acesteia.
La citirea textelor medicale se poate întâmpla prin termeni precum: patogeneza microbiană, patogeneza inflamatorie, patogeneza virală, patogeneza malignă (tendința unei boli, de obicei a tumorii, pentru a se agrava treptat până devine letală). Multe boli recunosc factori cauzali diferiți (etiologia multifactorială) și chiar mai numeroși sunt cei caracterizați prin mecanisme evolutive diferite (patogeneză multiplă).
