Deși astăzi poate părea evident pentru noi, este evident că, de milenii, omul a ignorat faptul că pentru a provoca anumite boli erau organisme microscopice.
Până în 1600, a fost considerată valabilă așa-numita teorie a generării spontane, conform căreia unele organisme pot genera spontan din materie neventivă. Exemplul clasic este acela al larvelor, considerat capabil să genereze din nimic într-o bucată de carne descompusă.
Primul care a invalidat această teorie a fost Francesco Redi, medic personal al Marelui Duce din Toscana. Redi a pus două bucăți de carne proaspătă în două recipiente separate, lăsând prima deschisă și protejând-o pe cea din urmă de muștele cu o retină. După câteva zile a observat că numai vasul deschis se târâsează cu larve. Redi, prin urmare, a arătat că larvele nu sunt generate din nimic, ci provin din ouăle puse de muște.
Existența microorganismelor a început să vorbească abia în secolul al XVIII-lea, datorită studiilor Modena Lazzaro Spallanzani, care a inventat prima dată și a introdus în literatura medicală termenul "germen". Cu toate acestea, descoperirea de bacterii este atribuită Antony Leeuwenhoek (1632-1723), un comerciant de țesut fondat de microscoape.
Leeuwenhoek a observat că, după ce și-a periat dinții, în depozitele de tartru erau "animale vii". Această descoperire a fost posibilă prin optimizarea microscopului optic, pe care le-a construit-o însuși Leeuwenhoek și care, ulterior, Hooke sa îmbunătățit.
Apariția microscopului modern, totuși, a deschis noi întrebări despre teoria generării spontane. Din primele observații, de fapt, se părea că simpla expunere la aer a unei substanțe organice într-un timp scurt a condus la dezvoltarea germenilor de pe suprafața sa.
Pentru a respinge complet ipoteza generării spontane de microbi, a intervenit biologul francez Louis Pasteur. Pulbere fiartă în pahar într-un balon de sticlă cu gât lung, echipat cu un cioc special în formă de S pentru a împiedica pătrunderea prafului (și a bacteriilor prezente în el). Pasteur a observat că, datorită acestor măsuri, bacteriile nu au crescut în bulion și că, prin urmare, germenii nu sunt generați spontan.
