Aciditatea puternică a conținutului gastric face stomacul un mediu deosebit de ostil pentru viruși și bacterii. Doar o specie, Helicobacter pylori, este capabilă să supraviețuiască în permanență și să colonizeze mucoasa gastrică umană. În rest, majoritatea microorganismelor ingerate sunt distruse rapid în câteva minute.
Mai multe studii efectuate in vitro au arătat că, datorită unei acțiuni bactericide largi și eficiente, pH-ul trebuie să fie deosebit de scăzut. În mod specific, un pH de 2, 0 sau mai puțin, în general, ucide toate bacteriile; totuși, aciditatea este prezentă în stomac numai în condiții de post, în timp ce după mese prezența alimentelor (principalul vehicul cu care bacteriile penetrează stomacul) ridică temporar pH-ul la valori de 4-5.
De asemenea, factorul de timp trebuie luat în considerare, deoarece cu cât pH-ul este mai mic, cu atât mai puțin timp este necesar pentru a obține o acțiune bactericidă completă și invers. Cu toate acestea, valorile pH-ului de peste 3, 5 au un efect bactericid foarte slab, în timp ce un pH mai mare de 4 are un efect bactericid nul.
Dovezi științifice recente demonstrează că activitatea bactericidă este determinată nu numai de aciditatea gastrică, ci și de pepsină (enzima proteolitice implicată în digestia proteinelor). Unele activități antibiotice sunt de asemenea exercitate de unele enzime prezente în sucul gastric, cum ar fi defensinele și lactoferina.
Pe frontul microbian, supraviețuirea diverselor microorganisme la activitatea bactericidă a sucurilor gastrice poate fi favorizată de legătura cu anumiți constituenți alimentari; de exemplu, sa demonstrat că virulența salmonelei este semnificativ mai mare atunci când este introdusă în canalul alimentar cu alimente contaminate cu proteine (de exemplu, ouă sau carne).
În mod evident, chiar și utilizarea medicamentelor antacide sau a inhibitorilor pompei de protoni, scăzând pH-ul gastric, promovează supraviețuirea bacteriilor în interiorul stomacului. În plus, pe măsură ce încărcătura bacteriană crește (numărul de bacterii ingerate), crește și probabilitatea unor microorganisme.
Problema toxinelor și a sporilor trebuie, de asemenea, luată în considerare. Toxinele sunt substanțe produse de bacterii sau constituenții acestora, care pot provoca daune (intoxicații alimentare) chiar și atunci când bacteria este ucisă de aciditatea gastrică. Sporii sunt forme în care unele bacterii se retrag atunci când condițiile de mediu sunt nefavorabile, dar apoi reactivează imediat ce circumstanțele o permit; Sporii de Clostridium difficile, de exemplu, depășesc aciditatea gastrică intactă și apoi germinează în stomac.
În comparație cu bacteriile, virusurile sunt, în general, mult mai susceptibile de a supraviețui mediului acid al stomacului. Nu este surprinzător că virusurile aparținând norovirusului (virusul Norwalk), rotavirusului, astrovirusului și adenovirusului sunt adesea implicate în apariția formelor diareice infecțioase (gastroenterita virală).
