Originea exactă a virusului Marburg este încă necunoscută. În prezent, se crede că boala pentru care este responsabilă poate fi o zoonoză, menținută de unul sau mai multe animale originare din continentul african. Cu toate acestea, cercetările efectuate până în prezent nu au permis identificarea rezervorului natural al bolii, deși au fost analizate multe vertebrate și artropode.
Potrivit Organizației Mondiale a Sănătății, oamenii nu fac parte din ciclul natural al virusului, astfel încât infecția se va datora în principal contactului ocazional cu un alt primat infectat. De fapt, transmisia a fost documentată prin anumite specii de maimuțe, care probabil acționează ca "oaspeți amplificatori" pentru virusul Marburg. Mai mult, unele dovezi sugerează că primatele pot fi la rândul lor infectate prin expunerea la lilieci .
