PH-ul fecalelor este în mod normal neutru sau ușor alcalin (6, 8 - 7, 5). Fecalele mai acide, fiziologice numai la nou-născut, pot indica infecții intestinale (Escherichia coli, rotavirus) sau tulburări digestive, cum ar fi lactoza sau intoleranța la grăsimi (steatoree de insuficiență pancreatică sau stază biliară).
Dacă pH-ul scaunului tinde să crească în prezența disbiozei putrefactive, acesta tinde să scadă în prezența dysbiozelor fermentative, ale căror cauze de origine se găsesc în ingestia excesivă de carbohidrați sau într-o absorbție proastă a acestora (boala celiacă) . Chiar și în prezența aportului lipidic abundent, în dietele vegetariene și în postul prelungit, pH-ul fecalelor devine acid.
Pentru a evita distorsionarea rezultatelor examinării, materiile fecale nu trebuie contaminate cu urină și trebuie răcite rapid pentru a preveni amoniacul urinar și bacteriile putrefactive aduc pH-ul alcalin.