Semințele de cafea, în timpul procesării industriale, pot fi, de asemenea, utilizate pentru producerea de cafea decafeinizată. Acest proces, numit decoffinare, are loc când semințele sunt încă verzi și nu ca rezultat al prăjirii. Multe metode pot fi aplicate pentru îndepărtarea cofeinei din cafea, dar toate implică scufundarea semințelor verzi în apă fierbinte (proces numit proces de apă elvețian) sau abur; în acest moment se adaugă solvenți care dizolvă și separă uleiurile care conțin cofeina din semințe. Decoffinarea este adesea aplicată de companiile de prelucrare a cafelei care, ca sursă de venit suplimentar, vând cofeina pentru industria farmaceutică.
